Emergency è presente in Sierra Leone dal 2001, inizialmente con una struttura dedicata alle vittime di guerra, e dal 2002 con un Centro pediatrico. In Sudan sono operativi dal 2006 un ambulatorio pediatrico nel campo profughi di Mayo e dall'aprile 2007 un Centro di eccellenza per la cardiochirurgia sito alla periferia di Khartoum - chiamato "salam" (pace).
Dal maggio 2007, EMERGENCY ha avviato un progetto regionale di pediatria che mira a realizzare centri sanitari specializzati in Sudan e nei 9 paesi confinanti. Tali Centri, oltre a fornire gratuitamente assistenza pediatrica di base, lavoreranno in stretta collaborazione con il Centro Salam quali strutture presso cui effettuare screening e follow-up di pazienti cardiopatici.
Il primo Centro pediatrico è in fase di ultimazione e sarà operativo dai primi mesi del 2009 a Bangui, capitale della Repubblica Centro Africana. Il secondo Centro pediatrico sarà costruito a Nyala in sud Darfur e a questo è dedicata la campagna di raccolta fondi "La nostra idea di pace" dal 3/22 ottobre 2008.